研發單位
創新育成中心
培育中小企業研發、管理及行銷之能力。 提供產學合作場所與計畫，促進研發成果商品化。 協助產業界進行人才培訓。 協助辦理與產業發展相關之業務。
水產動物疾病研究中心
本中心鑑於台灣養殖漁業盛行，養殖技術獨步世界，然而自1988年起，草蝦發生大量死亡，繼而養殖斑節蝦在1991年亦發生嚴重疾病，隨後的蝦類白斑症， 石斑迴旋症等，都嚴重衝擊台灣的養殖產業，因此魚蝦疾病之病因、 診斷及防治研究工作均迫不及待。
海洋產業技術研發中心
本中心為致力推動本校與國內外海洋產業之合作，發展海洋產業技術，並接受公私立機構之委託，執行各項技術科技整合與專案計劃，俾有助於拓展國家整體海洋產業技術與提昇學術研究水準。
