本校行政單位組織設有秘書室、教務處（註冊組、課務組、綜合業務組）、學生事務處（課外活動組、生活輔導組、學生諮商組）、總務處（文書組、事務組、出納組、營繕組、保管組）、軍訓室、圖書館（技術服務組、讀者服務組、系統資訊組）、研究發展處（企劃組、產學合作組、國際交流組、海洋產業技術研發組）、會計室、人事室、電子計算機中心（系統服務組、網路管理組、教學行政組）、安全衛生中心、進修推廣部（教務組、學生事務組、綜合業務組）、體育室（體育行政組、體育活動組）、實習就業既校友服務中心、商船船員訓練中心（行政組、訓練及模擬機管理組）。

　　本校學術單位組織設有航運暨管理學院（航運技術系、輪機工程系、航運管理系、資訊管理系、運籌管理系、水域運動管理系）、水圈學院（漁業生產與管理系、水產食品科學系、水產養殖系、海洋生物技術系）、海洋工程學院（造船工程系、電訊工程系、海洋環境工程系、微電子工程系）、共同教育委員會（通識教育中心、基礎教育中心）。